In der Pogromnacht des 9. November wurde durch nichtjüdische Halberstädter die Barocksynagoge geschändet, aber nicht in Brand gesetzt. Die Gefahr, dass die sie umgebenden Fachwerkhäuser in Brand geraten könnten, war zu groß. Stattdessen erließ der Oberbürgermeister der Stadt Halberstadt am 19. November 1938 eine Verfügung zum Abriss der Synagoge. Dieser begann umgehend und war im Frühjahr 1939 abgeschlossen. Bis heute ist der Verbleib der aufwendigen Ausstattung der Synagoge nicht geklärt.

Die Klaus blieb als Gebäude unangetastet. Sie verlor ihre Bestimmung und wurde ein Judenhaus.

Am 12. April 1942 wurden vom Halberstädter Domplatz aus die sogenannten „arbeitsfähigen“ Jüdi:nnen deportiert. Über Magdeburg wurden 101 Männer, Frauen und Kinder in das Warschauer Ghetto transportiert. Dort verlieren sich ihre Spuren.

Am 23. November 1942 wurden die Bewohner:innen der Judenhäuser jüdisches Altersheim, Wilhelmstr. 14 und jüdische Schule Westendorf 15 in das Konzentrationslager Theresienstadt deportiert. Die Todesfallanzeigen aus Theresienstadt dokumentieren, dass alle Deportierten getötet wurden.